在美国繁华的大都市纽约,邪恶头目施利德领导的大脚帮正在城内作恶,安保公司老板埃里克·萨克斯(Eric Sachs)推出了最新的安保系统,誓言维护城市的安宁。 第六频道的女记者艾普丽尔·奥尼尔(April O 'Neill)意外拍下了大脚帮被四名神秘骑士击败的画面。当她第二次遇到一个非同寻常的事件时,她惊讶地发现这四个骑士其实是变异的巴西龟:拉斐尔、达芬奇、米开朗基罗和多那太罗。 忍者神龟这个名字勾起了April童年的回忆,当时她的父亲和Saks是研究生物变异实验的伙伴。 她把这个消息告诉了萨克斯,但在与忍者神龟及其老师斯普林特会面后,她发现萨克斯和施利德是这个城市的罪恶之源...这部电影是根据同名经典漫画改编的。