有一天,一群使用风逸术的空袭战士袭击了火之国,无数人和忍者被杀。形势危急。据纲手大人说,这群不速之客是在第二次忍者大战中落败的空之组,现在他们带着复仇再次出现。卡卡西(井上和彦配音)等人负责调查空之使命的老巢,而鸣人(竹内顺子配音)、木本樱(中村千绘配音)、上田(水井奈配音)奉命组成三人医疗队,协助名医神农(石冢运升配音)前往徒弟刘玉的家乡救治伤者。另一方面,身患绝症的大蛇丸得知神农的再生已经完成,他命令佐助(杉山纪彰配音)去寻找神农。这也促成了佐助和前搭档的宿命重逢...本片是火影忍者的第五部剧场版动画。