主角工藤新一原本是一名高中生的知名侦探。在目睹了黑衣组织的地下交易后,他被黑衣男子金(Gin)打晕,并被注射了代号为APTX 4869 (ァポトキシ125314869).他虽然活了下来,但身体却退化到了小学生的模样。 后来,他化名江户川柯南,在好友阿笠博士的建议下,投宿在青梅竹马的毛利兰之父毛利小五郎家中,继续秘密从事追查黑暗组织的工作,并私下探索获取解药的渠道,希望恢复新一的本来面目。 与此同时,柯南凭借其推理天赋和阿笠博士发明的道具帮助毛利小五郎成为一名著名的侦探。 故事中穿插了爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等诸多情节。